Для приверженцев опенсорца существует возможность распространять проекты в незапакованном формате.
Просто скачай темплейт с оф.сайта и положи экзешник/эльфешник в папку с проектом, этого достаточно. Имя файлу можно задать любое. Дополнительно можешь вшить свою иконку в экзешник. После этого, запустившийся файл темплейта обнаружит рядом с собой файл project.godot и начнет грузить проект из него и из файлов, лежащих в распакованном виде в той же директории.
Для запущенного таким образом проекта папка res:// становится доступна для записи (если это не ограничено правами доступа в системе). Тут нужно отметить, что проект не запустится без папки .import и файлов в нём. Если попытаться запустить без неё, Godot попросит запустить редактор, чтобы импортировать ресурсы заново. Т.е., к сожалению, невозможно просто отредактировать текстуру в пейнте и увидеть изменения в игре - в любом случае потребуется запускать редактор, чтобы он импортировал текстуру заново, потому что импорт - это конвертация во внутренний формат (etc/etc2/s3tc/bptc), а оригинальный файл (.png, .jpg и т.д.) игрой не читается (load("res://icon.png") грузит версию из папки импорта, а не ту, что мы ожидаем).